본 발명은 콜레라를 유발하는 Vibrio cholerae, 장티푸스의 원인이 되는 Salmonella typhimurium, 세균성 이질의 원인균인 Shigella dysenteriae, S. sonnei, S. flexneri 등 1종 법정 전염병의 원인균들을 비롯하여 설사질환 원인균인 Escherichia coli O-157, 장염 비브리오에 의한 식중독균인 Vibrio parahaemolyticus , 세균성 식중독 원인균인 Staphylococcus aureus , Campylobacter jejuni, Yersinia enterocolitica, Pseudomonas aeruginosa 및 Listeria monocytogenes 를 포함하는 소화기 감염균(Gastrointestinal Pathogen)을 검출하기 위한 특정 올리고뉴클레오티드 프라이머(oligonucleotide primer) 및 상기 프라이머를 사용하여 중합효소 연쇄반응을(PCR)을 수행하여 소화기 감염균을 검출하는 것으로 이루어지는 소화기 감염균의 검출방법에 관한 것이다. 본 발명에 의하면 상기 균을 신속, 정확하게 검출할 수 있을 뿐 아니라, 균주 자체를 동정할 수 있으며, 임상가검물, 농·축·수산물 또는 식품 등의 검역 및 검사, 식당위생검사, 수입 농·축·수산물 검역 및 가축진단 등에 효과적으로 이용될 수 있다.