본 명세서에는 샘플에서 1종 이상의 유형의 미생물의 다양한 집단으로부터 유전 물질을 추출하는 방법이 개시된다. 미생물은 원핵생물 또는 진핵생물일 수 있고, 박테리아, 고세균, 진균, 원생동물, 장내 기생충, 기생충, 바이러스, 파지 등을 포함할 수 있다. 추출은 단일 샘플로부터 기원될 수 있고, 후속 식별은 분자 방법, 예컨대, qPCR, PCR, RFLP, SSCP, 대립유전자 특이적 PCR, 표적화 서열결정, 풀 다운 서열결정, 전체 샷건 서열결정 또는 다른 방법을 통해서 이루어질 수 있다. 또한 인간 대상체의 소화관으로부터의 진균(즉, 사카로마이세스 종), 동물 세포(유럽 가축우), 식물(예컨대, 호르데움 불가래)을 비롯한 다양한 유기체로부터 핵산 분자를 추출하는 단계, 이로부터 메타게노믹스 분석을 수행하는 단계 및 메타게노믹스 분석에 기초하여 대상체에 대한 프로바이오틱 치료 또는 규정식 지침을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
