출구측 용기와 필터 요소와의 밀착을 방지하여 유체의 흐름이 좋고, 여과 성능이 우수한 가요성 필터를 이용한 여과 방법 및 여과 시스템을 제공한다. 액체의 입구와 출구를 갖는 가요성 용기와, 시트형 필터 요소로 이루어지고, 액체의 출구와 입구가 상기 필터 요소에 의해 이격되어 있는 필터를 이용하여 중력 혹은 송액 펌프의 작용에 의해 액체를 여과하는 데 있어서, 상기 필터 출구부의 압력을 대기압에 대해 0 ㎜Hg 이상으로 하여 여과하는 방법 및 여과 시스템이다. 또한, 필터 및 필터의 상류측 유로 혹은 하류측 유로의 유체 역학적 특성의 조합을 적절하게 선택함으로써, 필터 출구부의 압력을 대기압에 대해 0 ㎜Hg 이상으로 하여 여과하는 방법 및 여과 시스템이다.