본 발명은 독소루비신 발효액으로부터 독소루비산을 고순도 및 고수율로 회수하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 독소루비산 생산능을 갖는 미생물을 배양하여 얻은 독소루비산-함유 발효액으로부터 독소루비산을 회수함에 있어서 상기 발효액을 산을 사용하여 1차 추출하고 이어 각각산과 유기용매와의 혼합용매를 사용하여 2차 및 3차 추출한 후 원심분리하여 균체를 제거하는공정; 균체를 제거한 발효액을 고다공성 흡착 수지를 사용하여 정제 및 농출하는 공정; 농축액을 분취용역상 C18컬럼 액체 크로마토그래피하여 정제하는 공정;정제액을 클로로포롬을 사용하여 추출한 후 염산 희석용액으로 재추출하는 공정; 및 동결 건조하여 분말을 수득하는 공정을 포함함을 특징으로 한다. 본 발명의 방법에 의하면 보다 단순하고 경제적인 방법으로 독소루비신을 고수율 및 고순도로 정제할 수 있다.