본 발명은 정제 BMP-16 단백질 및 그의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명의 단백질은 골, 연골, 힘줄, 인대 및 반월판을 포함하는 기타 결합조직 상해 및 장애의 치료, 상처 치료 및 관련 조직 상해회복, 및 표피, 신경, 심근을 포함하는 근육, 기타 조직 및 상처, 및 간, 폐, 심장, 췌장 및 신장 조직과 같은 기관을 포함하는 조직에 대한 장애 및 상해의 치료용으로 사용될 수 있다. 또한, 상기 단백질은 미분화 배아 및 스템 세포의 성장 및/또는 분화의 유도에 사용될 수 있다.