본 발명은 형질전환 대장균(Escherichia coli) 및 이를 이용한 D형 또는 L형 젖산의 순수 생산방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 유전공학 기술을 이용하여 대사경로를 변형시키므로 초산 및 숙신산 생성경로를 유전적으로 결손시켜 D형 젖산만을 선택적으로 생산할 수 있는 신균주 대장균 JP203, 또는 L형 젖산만을 선택적으로 생산할 수 있는 신균주 대장균 JP204을 얻고, 이 균주들을 호기적 조건에서 1차 생장시킨 후, 젖산 생산단계에서는 2차적으로 배양조건을 혐기적 조건으로 전환시켜 배양함으로써, 보다 효율적으로 그리고 보다 높은 수율로 D형 또는 L형 젖산만을 선택적으로 대량 생산할 수 있는 방법에 관한 것이다.