본 발명은 밀도인식 신호물질인 아실화 호모세린 락톤(AHLS)을 분해하는, 토양으로부터 분리한 신규한 미생물, 상기 미생물에서 유래하는 AHLS를 분해하는 활성을 가지는 효소 및 효소를 이용하여 병원성 미생물을 생물학적으로 제어하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 의한 방선균 배양액을 이용한 그람 음성 미생물 제어의 생태학적 접근 방법은 기존의 문제점인 항생제 내성 및 농약의 잔류 등을 해결하면서 환경 친화적으로 병원성 미생물을 효과적으로 제어할 수 있을 것이다.