본 발명은 어패류 내장에서 단백질 분해효소를 이용하여 DHA 및 EPA를 분리할 수 있는 방법을 제공코자 하는 것이다. 통상 어류 및 연체류의 가공과정에서 표피, 몸통, 족육(식용부)을 제외한 식도, 위장, 간장, 생식선 등의 내장들은 제거되는데, 이는 전체 중량의 20% 이상을 차지하며 일부는 사료나 사료용 간유로 이용되고 있다. 어류 및 연체류의 내장에는 지방질, 비타민 B군, 무기질 함량이 높고 내장유에는 특히 높은 함량의 유지가 함유되어 있으며 유지 중에는 w-3계 지방산인 EPA(20;5w3)와 DHA(22;6w3)가 육에 비하여 월등하게 높다. 내장의 지질은 극성이 높은 인지질로 구성되어 있기 때문에 단백질과 분리가 어려워 폐기시, 질소에 의한 부영양화와 지방의 분해지연 등으로 환경오염을 유발하게 된다. 내장을 사료로 이용하기 위해서는 건조하여 분쇄를 해야 하지만, 조지방 함량이 높아 분쇄가 어렵고 산패하기 쉽다. 내장을 사료원으로 제조함에 있어서 높은 지질은 많은 제조공정을 요할 뿐만 아니라 동남아 등의 더운 지방에서는 보관에 많은 주의를 필요로 한다. 지질을 분리하기 위하여 유기용매를 사용하는 방법을 모색할 수 있으나 이것은 용매제거 및 폐수처리에 따른 또 다른 공정을 유발함으로써 제조단가를 상승시키기 때문에 도입하기가 곤란하다. 따라서 본 발명에서는 기존의 지질 추출공법과 다른 생물학적 방법을 도입하여 고도불포화지방산을 분리하는 방법을 제공하는바, 최적화된 분리방법으로 어패류 내장에서 단백질과 지질을 분리함으로써 수산가공업체의 수익을 증대시킬 뿐만 아니라 부산물의 적극적인 이용과 환경오염에도 대처 할 수 있는 것이다.